November 2001 -- Egypťan Muhammad Átif bol pravou rukou Usámu bin Ládina zodpovednou za výcvikové tábory Al-Kajdy. Od amerických útokov na Kábul v novembri 2001 považovaný za mŕtveho.
28. marca 2002 -- Palestínčan zo Saudskej Arábie abú Zubajdá bol zadržaný v pakistanskom Faisalabáde. V hierarchii Al-Kajdy bol na 4. mieste. Vydali ho Američanom.
11. septembra 2002 -- Ramzího bin Šíbha zatkli v Pakistane. Údajne sa zúčastnil na plánovaní útokov 11. septembra 2001.
24. októbra 2002 -- britská tajná služba zadržala abú Katadu, vysokého predstaviteľa Al-Kajdy, považovaného za hlavu európskej časti organizácie.
1. marca 2003 -- v pakistanskom Rávalpindí zatkli pakistanského teroristu Chálida Šajcha Muhammada, označovaného za šéfa útoku na New York v roku 2001.
14. augusta 2003 -- zatkli Hambalího, spoluzakladateľa organizácie Džammá Islamíja (pobočka Al-Kajdy v južnej Ázii). Bol najhľadanejším zo štyroch teroristov podozrivých z účasti na atentáte na Bali.
25. júla 2004 -- v Pakistane chytili Achmeda Chalfána Gajláního. Podľa amerických vyšetrovateľov bol zapletený do útoku na americké veľvyslanectvá v Keni a Tanzánii v roku 1998.
25. septembra 2005 -- Abdalláha abú Asáma, muža označeného ako č. 2 vo veliacej hierarchii Al-Kajdy v Iraku, zabili americkí vojaci.
7. júna 2006 -- abú Músá Zarkáví, považovaný za lídra protiamerického odporu v Iraku, bol zabitý pri nálete v meste Bákubá.